La cavidad, desconocida para nosotros hasta la fecha, tiene un escaso desarrollo (poco más de 140 metros de longitud y 10 de desnivel) pero es muy singular, por varias razones. Primero por la gran arcada de su boca superior, que llega a sumar 20 metros de anchura por más de 14 de altura, y que da acceso a una gran sala cada vez más baja y angosta que supera los 50 metros de longitud. También por su carácter de curso activo, con entrada y salida de aguas. Salvo los meses de estiaje, el Arroyo de Navellía la atraviesa con un caudal variable, penetrando a través de la gran boca superior, y retorna al exterior de forma mucho más modesta por un largo tubo de presión para atravesar la nava de Navellía camino de su unión con el río Guadarroyo, a su vez afluente del Guadazaón.
La principal singularidad de la cavidad es que se genera a través de la facies triásica del Muscheskalk, conformada básicamente por yesos finamente laminados con alternancia de otros materiales, siendo la única cavidad conocida de la provincia de Cuenca que se desarrolla en esta facies geológica y con este tipo de material. A muy corta distancia hacia el norte emergen los estratos masivos de conglomerados y areniscas rojizas del Buntsandstein. Al sur y oeste se desarrollan, en mucha menor extensión, las arcillas salinas del Keuper, que sirven de breve interludio antes de la irrupción de las calizas jurásicas del Lías, también apenas a unos pocos cientos de metros de distancia. Toda la secuencia estratigráfica aparece con un fuerte buzamiento y con la presencia de varias fallas y diaclasas. Esta verdadera eclosión geológica en un pequeño espacio físico crea todo tipo de unidades de paisaje singulares, desde los cercanos cerros-torre de arenisca rodena hasta pequeñas navas escalonadas, de las cuales la mejor caracterizada es precisamente la de Navellía, quizás una antigua laguna desecada por la erosión del estrato rocoso al sur, que tuvo que servir de represa.
La etimología del nombre de la cavidad es curiosa. La primera parte es obvia: un “boquerón” es una “boca grande”, como es más que evidente en el caso que nos ocupa. Es un topónimo que se reproduce al menos en otras dos cuevas de la Serranía de Cuenca: El Boquerón de Valdecabras, y el Boquerón de Fuencaliente(o Boquerón de la Toba). Navellía probablemente proceda de una “Nava Bellida” o “Nava Vellida”, es decir, una “nava hermosa”, y verdaderamente lo es. También el calificativo “vellido” puede significar “velloso, peludo” y en esta acepción, en un sentido figurado, aparece de vez en cuando en parajes de hierba alta, maleza y breñas (también es el caso). Por último, y mucho menos probable, podría ser una derivación de un mozárabe “nava veilla”, “nava vieja”, aunque la presencia de toponimia mozárabe en el entorno es escasa.
La cavidad está apartada, y su acceso es relativamente complejo. Pese a las grandes dimensiones de su boca, queda del todo oculta hasta que no se está prácticamente encima. En las imágenes aéreas es casi invisible, cubierta por la vegetación sobre la gran arcada de acceso. Incluso el mapa 1:25.000 del IGN comete un error de dibujo, fundiendo en una sola dos vertientes distintas e ignorando el tramo de cauce subterráneo.
El Arroyo de Navellía, que atraviesa la cueva, se forma en las laderas que descienden del Majadal del Fraile, a unos 1500 metros de altura y una distancia de poco más de un kilómetro al norte de la cavidad. Pese a la escasa distancia y a una cuenca de captación reducida, el arroyo gana caudal rápidamente gracias a la alta pluviometría de la zona y la confluencia de varias vertientes, aunque presenta un acusado régimen pluvionival que lo lleva a secarse por completo en los meses de verano. La rápida pendiente, unida a una posible línea de falla y a un buzamiento casi vertical de los estratos, hace que rápidamente la erosión del cauce alcance los yesos microestratificados del Muschelkalk, que además aparecen muy encajados entre facies más resistentes. Eso hace que rápidamente el arroyo esculpa por erosión diferencial los materiales más blandos y solubles, hasta que el cauce queda atrapado en una auténtica trampa geológica que lo obliga a sumirse horadando los yesos. Los episodios de avenida, que deben ser relativamente frecuentes, poco a poco van tallando una cavidad de grandes dimensiones, que de tanto en tanto sufre colapsos masivos de la bóveda por el excesivo descalce de materiales. En tanto, los primeros tramos de la cavidad poco a poco quedan a cielo abierto, conformando un pequeño cañón resultado de la desaparición de los techos. Es posible que uno de estos grandes derrumbes, quizás cronológicamente no muy lejano, bloquease por completo la sección de la cavidad (el “Derrumbe Final”). Las posteriores avenidas provocarían episodios de sobrepresión que darían lugar a la apertura del Corredor del Viento, el estrecho conducto de desagüe, seguramente a favor de una fisura o diaclasa lateral. Esto devolvió el arroyo ala superficie de forma prematura, a la misma cota del piso de la nava lateral y con el giro tan marcado que se aprecia en la topografía. Es posible que después de la colmatación terminal la gran galería continúe, e incluso que mantenga una cierta actividad hidrológica, que podría corresponderse con alguna pequeña surgencia al sur, a poco más de un kilómetro, ya en las laderas sobre el río Guadarroyo, en la dirección natural de la estratigrafía.
Los yesos de la cueva presentan abundantes señales de actividad tectónica y de metamorfismo de bajo grado, con todo tipo de cristalizaciones y diferentes formaciones, con una variada coloración, lo que hace de ella una verdadera singularidad geológica en el ámbito de la Serranía de Cuenca.